Xét nghiệm giải trình tự gen HIV DNA proviral không được chỉ định để phát hiện kháng thuốc mắc phải do điều trị. Phương pháp này chỉ phát hiện hiệu quả các đột biến có thể đã tồn tại trước khi điều trị. Do đó, nó được chỉ định trước khi thay đổi phác đồ sang một nhóm thuốc mới nếu không có kết quả genotyping trước đó cho các thuốc đang cân nhắc và tải lượng virus thấp hoặc không phát hiện được.


